In der Stiftung Senfkorn Pankow ist das Kuratorium für die inhaltlichen Richtlinien verantwortlich, das operative Geschäft führt ein dreiköpfiger Vorstand.

Um die Stiftung dauerhaft mit dem Stifter und in der Kirchengemeinde zu verankern, werden die Mitglieder des Kuratoriums vom Verein „Eine evangelische Schule für Pankow“ e.V., der Gesamtelternvertretung der Evangelischen Schule Pankow und den Gemeindekirchenräten Niederschönhausen und Alt-Pankow benannt.

Daneben gibt es die Möglichkeit, zur Unterstützung der Arbeit einen Beirat zu berufen.